Poprzez swoją działalność nie wpływamy znacząco na źródła wody powierzchniowej i podziemnej.

Stale prowadzimy kontrolę poboru wód oraz jakości odprowadzanych, oczyszczonych ścieków. Dzięki przyjętym rozwiązaniom technologicznym wykorzystujemy zużyte wody. Procent wód podlegających recyklingowi liczony jest przez nas, jako stosunek sumy wody gospodarczej produkowanej z oczyszczonych ścieków i oczyszczonego kondensatu do całkowitego zapotrzebowania zakładu na wodę przemysłową.

Nie stwierdzono negatywnego wpływu działalności produkcyjnej Grupy LOTOS na stopień bioróżnorodności w środowisku lądowym, słodkowodnym i morskim. Swoimi działaniami nie powodujemy także zagrożenia dla gatunków ujętych w Czerwonej Księdze Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody i Jej Zasobów (IUCN) oraz na krajowych listach gatunków zagrożonych. W środowisku otaczającym rejon działania rafinerii Grupy LOTOS w Gdańsku nie są znane stanowiska zwierząt objętych ochroną i nie istnieje zagrożenia ich wymarcia. Jednak z uwagi na dokonywany pobór wody powierzchniowej z rzeki Motławy, podjęliśmy się działań wspierających bioróżnorodność regionu i partycypujemy w kosztach zarybiania obwodu rybackiego nr 3 na Motławie. Wykonaliśmy także izolacyjne nasadzenia drzew w Gdańsku od strony drogi krajowej nr 7, którą cechuje znaczne natężenie ruchu samochodowego i w obrębie zakładowej oczyszczalni ścieków.